המכון לחקר המתודולוגיה של המודיעין במרכז למורשת המודיעין הוקם בשנת 2016, והוא עוסק בפיתוח תפיסות פעולה ומתודולוגיה לצורכי קהילת המודיעין בישראל ובעולם.

המכון נועד להוות מרחב לשיח על המתודולוגיה בקהילת המודיעין הישראלית ולחבר בינה לבין שיח רלוונטי בעולם: בקהילות מודיעין אחרות, באקדמיה ובמגזר העסקי.

המכון מתבסס על ניסיונם העשיר של אנשי קהילת המודיעין הפעילה בישראל, ועל הכתיבה הנרחבת בתחומי המודיעין והביטחון באקדמיה ובמכוני מחקר בארץ ובעולם.

תפיסת המכון היא שהמתודולוגיה הינה נדבך בפרקטיקה המודיעינית, ושהשילוב בין המעשה לתיאוריה חיוני לפיתוח הידע בתחום. לכן, בידי אנשי המעשה (הפרקטיקנרים) היכולת לפתח את תיאוריית המודיעין, אשר יישומה מזין את המשך פיתוח הידע לגבי העשייה המודיעינית.

המכון מפרסם את כתב העת "מודיעין הלכה ומעשה": ששת הגיליונות שפורסמו עד כה עסקו בשילוביות במודיעין, מודיעין בהשתנות מהירה ב"ביג דאטה", מודיעין במערכה על התודעה, מודיעין לאומי-אזרחי ומודיעין רב-תחומי.

פרסומי המכון כוללים מחקרי עומק, המתמודדים עם שאלות מתודולוגיות באופן ממוקד, ונכתבים על ידי חוקרי המכון או עמיתי המחקר בו, אנשי קהילת המודיעין או אנשי אקדמיה העוסקים בתחומי המודיעין והביטחון.
למכון קהילה רשתית של כ-1000 חברים, שבה מועלים באופן תדיר עדכונים מתודולוגיים הן על-ידי חברי המכון והן על-ידי חברי הקהילה.

המכון עורך ימי עיון וסדנאות לטובת קהילת המודיעין הפעילה, מפגשים עם קורסים ושיתופי פעולה עם האקדמיה. בנוסף, המכון מקיים שיח עם מכונים מקבילים בחו"ל ומקיים כנסים יעודיים בנושא המתודולוגיה של המודיעין. המכון נעזר בוועדה מייעצת ובה בכירים לשעבר בקהילת המודיעין, אנשי אקדמיה ועוד.